Cesta do pekla
Zatčení putovali nejprve do sídla SD, kde byli vyslícháni, a poté je převezli do vazební věznice v Weteringschansu. Tam se poprvé setkali s příšernými hygienickými podmínkami. Aniž by věděli, že se je marně snaží jejich blízcí v čele s Miep Giesovou zachránit tím, že nabízejí nacistům za jejich svobodu peníze, 8. srpna 1944 pokračovali v cestě, a to do tábora Westerbork. Museli těžce pracovat, ale v tomto zařízení se rodinní příslušníci ještě mohli potkávat, což bylo velkou výhodou. Anne se zde dokonce vídala s Peterem.
2. září 1944 se všech osm bývalých obyvatel úkrytu dozvědělo, že druhý den odjedou. S celkovým počtem 498 žen, 442 mužů a 79 dětí odjel poslední transport z Westerborku do Osvětimi. Vlak do svého cíle dorazil v noci. Ženy a muži byli okamžitě po vystoupení z přeplněných vagonů, původně určených pro dobytek, rozdělení. Otto Frank svou rodinu už nikdy neviděl.
Hermann van Pels byl poslán na smrt v plynové komoře.
Anne zůstala se sestrou a matkou. Po třítýdenní karanténě se přesunuly do bloku číslo 29 a musely přežívat běžný táborový režim, tedy: nedostatek jídla, nulovou hygienu, tvrdou dřinu, mnohahodinové nástupy, nepohodlné spaní na dřevěných pryčnách, nemoci, týrání, smrt.
Některé přeživší na Anne vzpomínaly. Prý působila tichým dojmem, ale uměla být vůdčí osobností, která byla velmi spravedlivá.
Dokud to šlo, Edith se snažila své dcery podporovat. Na konci října se konala selekce, při které bylo voleno, kdo bude přemístěn do tábora Bergen-Belsen. Anne i Margot prošly, Edith musela zůstat v Osvětimi. Zemřela vyčerpáním 6. ledna 1945.