Fanoušci sci-fi filmů mají Jonathana Frakese spojeného s kultovním snímkem Star Trek. Jonathan Frakes v něm ztvárnil roli prvního důstojníka Williama Rikera, který je jednou z ústředních postav filmové série Star Trek. Této roli zůstal Jonathan Frakes věrný dlouhých 17 let, ať už šlo o filmy či seriály. Nahrál také mluvený komentář k DVD Star Trek: První kontakt, filmu, ve kterém hrál i režíroval. Kromě Star Treku se objevil i v různých dalších seriálech, nejznámější je asi Roswell. Sám se také ujal role režiséra fantasy seriálu Knihovníci.
Je ženatý a má dvě děti
O osobním životě Jonathana Frakese toho není příliš známo – své soukromí si úzkostlivě střeží. Ví se však, že je šťastně ženatý. S manželkou jménem Genie se potkali v osmdesátých letech při natáčení telenovel. Genie je totiž také herečka. Zasnoubili se v roce 1986, vzali se v roce 1988. Mají spolu syna Jamesona Ivora a dceru Elizabeth Frances. Jejich manželství už trvá krásných 34 let.