Smrt Žofiina zpovědníka Jana Nepomuckého
Král Václav IV. na svou královnu také velmi žárlil. Jejím osobním zpovědníkem byl údajně Johánek z Pomuka, generální vikář, v historických záznamech později znám jako Jan Nepomucký. Podle Hájkovy kroniky k němu královna Žofie docházela ke zpovědi a svěřovala mu své pocity a tajemství, a Václav IV. jej nutil, aby mu vše prozradil. Ať byl vztah Jana Nepomuckého s královnou jakýkoli, Václav ho obětoval ve své zlobě vůči arcibiskupovi Janovi z Jenštejna. Byl umučen a v pytli vhozen z Karlova mostu do Vltavy.
Podpora Jana Husa jako cesta k ponížení
Vzájemné spojení našli čeští panovníci také v husitství. Učeného teologa Jana Husa podporovali v jeho boji s církví od roku 1402, kdy se stal kazatelem v Betlémské kapli. Žofie byla jeho aktivní posluchačkou, obdivovala ho za jeho odvahu a společně s králem jej chránila. Dokonce společně sepsali list papeži, aby nad ním zrušil klatbu. Když byl Jan Hus upálen, královna to vzala osobě a ještě hlasitěji se zastávala přijímání pod obojí způsobou. Čeští katolíci jí to nemohli odpustit a do věci se vložil i Žofiin bratr Arnošt. V historických análech je zapsána jeho návštěva v Praze v roce 1418, kdy se královna při rozhovoru odmítla vzdát své víry v husitství. Vyťal jí takový pohlavek, až jí spadl závoj.