Štěstí netrvalo věčně
12. července 1932 postihla rodinu Baťových tragédie. Tomáš starší zahynul při leteckém neštěstí. Mířil právě do Švýcarska, kde měl otevřít novou pobočku, když krátce po odletu se stroj zřítil z několika desítek metrů.
Dědické řízení trvalo roky, navíc přišla německá okupace. Marie se vrátila z Kanady, kde pobývala v exilu, protože jinak hrozilo, že jí bude celý majetek zabaven. Spolu s dalšími akcionáři se starala o firmu a pomáhala odboji i nevinným lidem, kterým hrozila smrt.
Následná komunistická vláda ji samozřejmě viděla jako zástupkyni nechtěné buržoazie, a tak brojila proti ní. Po přímluvě Jana Masaryka nakonec v roce 1946 obdržela cestovní pas a ihned odjela. Pobývala na Bermudách a v New Yorku.
Zemřela roku 27. února 1954. V 90. letech nechal Tomáš Baťa mladší její ostatky převést do Zlína, kde teprve po mnoha letech spočinula vedle manžela.